Године 2002. БМВ је надоградио мотор С50Б30 треће генерације Е46 М3 и назвао га С54Б32.
Поседује 32-литарски редни шестоцилиндрични атмосферски мотор са ојачаним компонентама мотора, двоструки ВАНОС систем на усисној и издувној страни, електронски гас и ново електронско програмирање. Ова побољшања су му омогућила да постигне максималну излазну снагу од 256 кВ (348 КС) и максимални обртни момент од 365 Нм, што је резултирало специфичном излазном снагом од 80 кВ по литру (108 КС по литру). У то време, то је био најснажнији атмосферски мотор БМВ-а са највећом специфичном излазном снагом, а такође је био и последња генерација редни шестокреветних атмосферских мотора коришћених у М3. Као једини преостали драгуљ у линији БМВ З-аутомобила, овај мотор је такође уграђен у модел З4 М објављен 2006. године.
БМВ је једном самоуверено изјавио да неће користити технологију турбо пуњења, али је на крају морао да направи компромис због потражње на тржишту. 2008. године, увођењем четврте генерације М3 опремљеног 40-литарским В8 мотором С65Б40А, БМВ је објавио да је легендарни мотор С54Б32 завршио своју историјску мисију и званично се повукао. Ова вест је оставила ентузијасте БМВ-а М3 широм света да готово разочарано уздахну.
